根據最近的報導，國交省按照與黨PT的指示重新評估了包括小浜・京都路線在內的九條路線。雖然試算結果尚未正式公布，但根據報導，6月11日的消息顯示，小浜・京都路線的兩個方案在整體評估中，均以 1.1 的費用便益比超越其他六條路線。而在針對敦賀至新大阪的延伸區間進行的個別評估中，米原路線的乘換方案以 1.0 的評比成為最高。
根據《北國新聞》2026年6月12日的報導，重新試算的結果顯示，九條路線的費用便益比及建設費用如下：
| 路線 | 一體評估 | 個別評估 | 概算建設費（物價上升反映後） | 工期 |
|---|---|---|---|---|
| 小浜（南北） | 1.1 | 0.5 | 4.2兆（5.8兆） | 25年 |
| 小浜（桂川） | 1.1 | 0.5 | 3.9兆（5.5兆） | 26年 |
| 亀岡 | 1.0 | 0.6 | 3.3兆（4.6兆） | 25年 |
| 米原（乘入） | 1.0 | 0.7 | 2.1兆以上（2.7兆以上） | 18年 |
| 米原（乘換） | 1.0 | 1.0 | 1.3兆（1.7兆） | 18年 |
| 湖西（新設） | 1.0 | 0.5 | 4.7兆（6.7兆） | 28年 |
| 湖西（在來） | 1.0 | 0.3 | 5.1兆（7.4兆） | 28年以上 |
| 舞鶴（京都） | 1.0 | 0.3 | 5.7兆（7.9兆） | 25年 |
| 舞鶴（亀岡） | 1.0 | 0.4 | 4.1兆（5.8兆） | 25年 |
根據報導，所有路線在一體評估的費用便益比中，小浜・京都路線的兩個方案均為 1.1，而其他七條路線的評比均為 1.0，顯示出小浜・京都路線的優勢。然而，在專注於敦賀至新大阪的個別評估中，米原路線的乘換方案以 1.0 的費用便益比位居首位，而小浜・京都路線則為 0.5。
在建設費用方面，米原路線的乘換方案以 1.3 兆日圓成為最便宜的方案，顯示出小浜・京都路線的建設費用在 3.9 兆至 4.2 兆日圓之間，約為米原路線的三分之一。湖西路線的新設方案的建設費用則為 4.7 兆日圓，超過小浜・京都路線的南北案。
在工期方面，米原路線的乘換方案最短，為 18 年，然而，環境影響評估將使工期增加至 25 年以上。小浜・京都路線的工期則在 25 至 26 年之間。
此次重新試算的結果顯示，根據傳統的評估標準，僅有米原路線符合著工標準，而小浜・京都路線的評比下降至 0.5，未能滿足投資基準。
小浜・京都路線的兩個方案在一體評估中均為 1.1，顯示出其在評估中的優勢。
米原路線的乘換方案建設費用為 1.3 兆日圓，顯示出其為最便宜的方案。
小浜・京都路線的工期預計在 25 至 26 年之間。
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