神戶機場將於2025年5月1日起實施設施使用費。這是關西三個機場中唯一未徵收設施使用費的機場，今後將以300日圓的價格收取，主要用於設施的維護和管理。
根據神戶機場的運營方關西機場和神戶市的公告，自5月1日起，所有從神戶機場發出的機票將開始徵收設施使用費。第1航站樓的國內航班，成人需支付300日圓，3至11歲的兒童則需支付150日圓，無論是出發還是到達，費用均相同。航空公司在銷售機票時，將以「票上收費」的方式加收該費用。
神戶機場的第2航站樓將於4月18日開始運營，該航站樓將處理國際包機和部分國內航班。從第2航站樓出發的國內航班，成人需支付550日圓，兒童則需支付400日圓。對於國際航班，除了航站樓使用費外，還需支付安檢設施使用費，總計成人需支付2,840日圓，兒童需支付1,700日圓。機場方面表示，這些使用費將用於各種設施的整備和維護。
在關西三個機場中，大阪機場（伊丹機場）的機場使用費為340日圓，而關西機場第1航站樓的國內航班為440日圓。值得注意的是，關西機場計劃於2025年4月1日起將使用費提高至560日圓。雖然神戶機場第1航站樓的300日圓價格低於其他兩個機場，但作為唯一不收取使用費的機場的優勢將不再存在。
